2025-26赛季大幕落下，瓜迪奥拉在曼城十年磨一剑的辉煌时代迎来情感告别。这是他执教生涯首次连续两个赛季无缘联赛冠军，但联赛杯与足总杯双冠王多少弥补了英超失意的遗憾。
去年中期花费1.8亿英镑补强后，曼城今夏继续重建，再砸1.6亿引进六名成年队新援。蒂贾尼·赖因德斯是佼佼者，他在揭幕战4-0大胜狼队的比赛中首秀即传射。这场胜利让曼城短暂登顶，但整个赛季他们只在榜首待了八天——冠军阿森纳则霸榜238天。
连负热刺和布莱顿后，瓜迪奥拉被迫重新思考如何在失去德布劳内的情况下让过渡期球队重返巅峰。9月他们用3-0击败曼联、1-1客平阿森纳给出回应。欧冠方面，曼城八场联赛阶段取得5胜1平2负，包括2-1客胜皇马，但16强被银河战舰以5-1总比分复仇淘汰。
受益于利物浦意外掉队，曼城与阿斯顿维拉成为阿森纳争冠最大威胁，三强并立持续到半程。9月至12月底，曼城13场英超赢下11场，紧咬枪手，同时击败哈德斯菲尔德、斯旺西和布伦特福德闯入联赛杯半决赛。然而进入2026年，球队六轮联赛仅获一胜，包括0-2输掉曼市德比，让阿森纳拉开六分差距。
为重新激活赛季，曼城冬窗斥资8400万英镑引进安托万·塞梅尼奥和马克·格希。前者在足总杯第三轮10-1大胜埃克塞特的比赛中首秀破门，此后又在联赛杯半决赛5-1淘汰纽卡斯尔的两回合中进球。2月，哈兰德在安菲尔德打破魔咒，第93分钟绝杀利物浦，2-1带走胜利。曼城随后接连战胜富勒姆、纽卡斯尔和利兹联，保持对阿森纳的压力。
随着阿斯顿维拉状态下滑，争冠变成双雄对决。温布利联赛杯决赛，尼科·奥赖利下半场两记头球帮助曼城2-0击败阿森纳捧杯。不到两个月后，他们又在足总杯决赛击败切尔西，实现国内杯赛双冠。
最后几个月曼城在英超保持16场不败，但接连战平诺丁汉森林、西汉姆联、埃弗顿和伯恩茅斯付出代价，5月中旬1-1客平伯恩茅斯让阿森纳提前一轮夺冠。赛季末轮前两天，瓜迪奥拉宣布赛季后离任。在刚更名的佩普·瓜迪奥拉看台前，曼城2-1负于阿斯顿维拉。贝尔纳多·席尔瓦、约翰·斯通斯和瓜帅本人含泪告别，后者超越莱斯·麦克道尔成为俱乐部执教时间最长的主教练。