阿尔特塔如今已是阿森纳的掌舵人，但回顾他初来乍到的日子，远非一帆风顺。2019年12月一个寒冷的夜晚，大约凌晨1点，阿森纳总经理维奈·文卡特沙姆从阿尔特塔位于曼彻斯特郊区的家中走出。他刚刚听完这位36岁少帅勾勒的一份“令人印象深刻”的五年重建计划——目标是让一支在温格离任、埃梅里继任失败后陷入动荡的俱乐部重回正轨。文卡特沙姆坐上车，与同事胡斯·法赫米一同离去。阿森纳即将押下一场豪赌，但管理层对此越来越有信心。
事实上，早在2018年温格离开时，许多阿森纳高管就已被阿尔特塔在面试中的表现折服。但让一位毫无主教练经验的36岁新人来掌管一支处于重大转型期的球队，未免风险太大。埃梅里资历深厚，而阿尔特塔凭借的更多是个人魅力和出色的球员履历。最终，文卡特沙姆力推阿尔特塔作为接替埃梅里的首要人选。当时阿尔特塔还在曼城担任瓜迪奥拉的助教，为了避免激怒曼城，一切必须在保密中进行。然而，文卡特沙姆清晨被阿森纳媒体主管的电话吵醒，告知他《太阳报》已刊登他离开阿尔特塔住所的照片。这让曼城方面颇为不满，董事会层面也传出了“噪音”。一周后，经过几天紧张的谈判，阿尔特塔正式被任命为阿森纳主帅。
2016年阿尔特塔退役时，本可以直接加入阿森纳教练组，但当时连俱乐部内部都建议他去曼城跟随瓜迪奥拉，称那“相当于攻读教练学硕士学位”。2019年节礼日，阿尔特塔在伯恩茅斯迎来了执教首秀，前景并不被看好。他的五年计划明确指出俱乐部已经落后，他与体育总监埃杜希望重建一支由22名高质量、战术灵活的球员组成的阵容。这需要资金，而克伦克家族恰好在此前两个转会窗口买下了被制裁的俄乌寡头乌斯马诺夫手中30%的股份。克伦克家族曾表示，只有在完全控股后才会投入资金，多数人以为这只是托词，结果他们说到做到。一位前员工表示：“米克尔拥有的资金，是埃梅里甚至温格都不曾有过的。”
在阿尔特塔执教的前八个月，他率队赢得了足总杯和社区盾，但受疫情影响，这些成就多少被掩盖。随后2020-21赛季表现糟糕，外界普遍认为他帅位不保。然而据熟悉董事会会议的消息人士透露，内部从未讨论过换帅。2020年12月，阿森纳客场1比2负于埃弗顿，遭遇联赛七场不胜（其中五场失利），随后又在联赛杯主场1比4惨败曼城。压力巨大，但董事会没有动摇。节礼日，阿森纳3比1击败切尔西，缓解了燃眉之急。尽管那个赛季最终只排名第八，但管理层始终全力支持阿尔特塔，这在2021年1月清洗厄齐尔一事上体现得尤为明显——俱乐部付出高额代价买断合同，但选择力挺阿尔特塔的决断。随后穆斯塔菲也在同一转会窗离队。一年后，当奥巴梅扬试图越界时，同样被出售，彼时阿森纳正处在复兴的关键阶段。